El Programa Estado de la Nación (PEN) se identifica con la misión, visión y valores del Consejo Nacional de Rectores (CONARE) como programa de esta Institución, sin embargo ha creado su propia misión y visión:

Misión

Dotar a la sociedad de instrumentos de fácil acceso para  conocer su evolución, desarrollar instancias de  rendición de cuentas, fortalecer mecanismos de participación y negociación y contribuir a la formación  de consensos nacionales y regionales.

Visión

Ampliar la democracia participativa, mediante una  efectiva participación de la sociedad civil y la  gobernabilidad, al proporcionar a los habitantes, a las organizaciones e instituciones públicas y privadas, un  estudio desagregado del desarrollo humano sostenible  y complementario al índice de desarrollo humano.

Objetivo general

Establecer un sistema de seguimiento del Estado de la Nación, mediante la selección, medición y evaluación del  desempeño nacional de un conjunto pertinente y suficiente de componentes de desarrollo humano  sostenible. Estos componentes cubren los alcances económicos, políticos, ambientales y sociales del  desarrollo. (CONARE y DHR, 2003)

El PEN tiene representado su quehacer institucional en los  siguientes objetivos generales del CONARE (CONARE, 2006):

1. Constituir un medio permanente y eficaz de apoyo a los esfuerzos del  país por elevar la calidad de la educación y propiciar los cambios que garanticen las mejores oportunidades de formación para las nuevas generaciones.

2. Ser un medio efectivo para la vinculación de la educación superior universitaria estatal con los otros niveles y formas de educación, con los sectores productivos y con la sociedad, en general.

3. Disponer de los mecanismos y condiciones necesarios para favorecer el impulso, fortalecimiento y coordinación de iniciativas, proyectos, estudios y actividades entre las universidades estatales y de éstas con diversos actores de la vida social.

4. Ofrecer un medio propicio para el impulso de la participación de las instituciones de educación superior universitaria estatal en espacios de diálogo que busquen facilitar la definición y contribuir con la ejecución de las acciones que orienten el desarrollo nacional y regional.

5. Mantener como característica del quehacer institucional los principios del mejoramiento continuo y de la rendición de cuentas, como prácticas primordiales para mostrar el uso transparente, eficaz y eficiente de los recursos públicos.