El Programa Estado de la Nación (PEN) opera en el marco institucional del Consejo Nacional de Rectores (CONARE) integrado por las cuatro universidades públicas del país y la Defensoría de los Habitantes de la República.

Dichas entidades conforman el Consejo Directivo órgano que conoce los principales aspectos administrativos y presupuestarios atinentes al funcionamiento del Programa. Participa en el proceso de consulta asociado a la preparación de cada Informe, entre otras atribuciones.

El PEN cuenta con una coordinación responsable de la correcta ejecución del Programa y del cumplimiento de sus objetivos en un marco de estrecha coordinación con las entidades participantes. Le corresponde velar por el cumplimiento y la calidad de resultados del equipo técnico central a su cargo así como de los consultores, entre otras funciones.

Dicha labor la encabeza el director y subdirector que coordinan las áreas administrativa, de investigación, estadísticas, comunicación, capacitación y participación ciudadana las cuales desarrollan como funciones principales:

Administrativa: brinda apoyo en este campo a las áreas sustantivas del Programa (Investigación, Estadística, Comunicación, Capacitación y Participación Ciudadana), en coordinación con los lineamientos establecidos por el CONARE.

Investigación: elabora el Informe Estado de la Nación que aborda la situación de Costa Rica en aspectos sociales, económicos, políticos y ambientales así como el Estado de la Educación, un informe bianual especializado en ese campo y el Estado de la Región, que analiza la situación centroamericana y se publica también cada dos años.  Ver más detalles

Cada uno de los informes tiene su propio Consejo Consultivo que se encarga de la conducción sustantiva del proceso de preparación de los informes el cual comprende la definición del marco conceptual y las prioridades de investigación así como el control de calidad sobre los estudios que se realicen.

El Consejo Consultivo es un ente pluralista, constituido por el Consejo Directivo y personas que participan a título personal, de manera voluntaria y por invitación. Provienen del sector público y privado.

Estadísticas: prepara, procesa, genera, revisa, actualiza y envía información estadística requerida para la elaboración de los Informes o estudios del Programa Estado de la Nación  con el fin de dar seguimiento a las tendencias del desarrollo humano sostenible en Costa Rica y el resto de Centroamérica.

Comunicación: trabaja en los ámbitos de: identidad e imagen del Programa, gestión de eventos, prensa, comunicación a través de nuevas tecnologías y análisis de impacto a nivel nacional y el resto de Centroamérica.

Capacitación y Participación Ciudadana: promueve la participación ciudadana de calidad por medio de la comprensión, el análisis y la utilización de la información sobre la realidad nacional y centroamericana desde la perspectiva de los desafíos en desarrollo humano sostenible. Ofrece actividades de difusión y materiales pedagógicos orientados al sector educativo, funcionarios públicos y sociedad civil.